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Mass++: オープンソース・MSデータビューア

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Mass++について

私たちは高速スペクトルビューア「Mass++」を開発し、これは全バージョン合計で今までおよそ2万回ダウンロードされてきました。現在開発中のバージョンはVer.4で、オープンソースソフトウェアとして、新たにJava言語で書き直し、複数のOSに対応できるようにしました。今回、これまで開発してきた様々な機能を整理し、Ver.4の正式リリース（Ver.4 Gold）として、基本的な機能、特にスペクトルやクロマトグラムの表示に関する機能（スペクトル／クロマトグラムのズーム、ピークのラベル付け、スペクトル／クロマトグラムの画像ファイルへのエクスポート、m/z値や保持時間値によるスペクトルの絞り込み機能など）を中心にパッケージを作成しました。このVer.4 Goldパッケージは4つのOS環境(Windows、MacOS、Linux Debian/Ubuntu、Linux RPM)でリリースされます。

なお、今後のバージョン管理およびVer.2.7系列との区別のために、「Mass++ Ver.4 Gold」は公開にあたって「Mass++4 Ver.1.0.0」と改称されました。今後はこちらの名称を主に使用していきます。

実行形式パッケージ（インストーラー）・ダウンロード

現行（最新）バージョン

• Mass++4 ver.1.0.0 （旧名 Mass++ ver.4 Gold (正式版)）

過去のバージョン

• Mass++4 ver.0.2.1 （旧名 Mass++ ver.4 beta2）
• Mass++4 ver.0.2.0 （旧名 Mass++ ver.4 beta）
• Mass++4 ver.0.1.0 （旧名 Mass++ ver.4 alpha）
• Mass++ ver.2.7.5

リリースノート

• 2025/xx/xx: Mass++4 ver.1.0.0 (Mass++ ver.4.0 Gold) リリース
  • Updated whole system to apply new concept
  • 基本機能の書き直しと再実装
• 2021/12/04: Mass++4 ver.0.2.1 (Mass++ ver.4.0 beta2) リリース
  • [バグ修正](https://mspp.ninja/2021/12/ver-4-beta2%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%82%b9%e3%83%88%e3%83%bc%e3%83%a9%e3%81%ae%e3%83%80%e3%82%a6%e3%83%b3%e3%83%ad%e3%83%bc%e3%83%89%e3%81%8c%e3%81%a7%e3%81%8d%e3%81%be%e3%81%99/ ベータ版に対する修正
    • MS/MSスペクトルのプリカーサーイオン質量が、Raw data タブのSpectrumViewTableに表示されるようにした。
    • Projectタブを開いているときに、MS/MSスペクトルに対するペプチド同定処理が実行できるようにした。
    • macOS/Linux版で、Projectタブを開いて行うペプチド同定処理の過程で、ピークリストが生成されるようにした。
• 2020/06/08: Mass++4 ver.0.2.0 (Mass++ ver.4.0 beta) リリース
  • アルファ版から [機能を追加](https://mspp.ninja/2020/11/ver-4-alpha%e3%81%a8ver-4-beta%e3%81%ae%e6%a9%9f%e8%83%bd%e6%af%94%e8%bc%83/
    • 外部アプリケーション実行・データ交換
    • データ・アノテーション表示
    • ピークピッキング
      • ProteoWizard ver. 3.0.20123の利用 (Windows環境のみ)
    • ペプチドアノテーション（同定）用サーチエンジンのサポート
      • Comet ver. 2019.01 rev. 5 (Windows環境のみ)
    • 対応ファイル
      • mzML, MGF, pepXML (manual)
    • 対応OS
      • Windows, macOS, Linux Debian/Ubuntu, Linux RPM
• 2019/09/17: Mass++4 ver.1.0.0 (Mass++ ver.4.0 alpha) リリース
  • 複数OS対応の新バージョンリリース開始
  • 実装した基本機能
    • スペクトル・クロマトグラム表示
      • TIC, XIC, MS1, MS/MS
      • ミラープロット
      • オーバーラップ
    • ヒートマップ
      • 2D, 3D
    • データ・アノテーション表示 (manual)
    • 対応ファイル
      • mzML, MGF, pepXML (manual)
    • 対応OS
      • Windows, macOS

ソースコード・リポジトリ

• 現行（最新）バージョン
  • Mass++4 ver.1.0.0 （旧名 ver. 4.0 Gold (正式版・安定版)
    • mspp4-core
    • mspp4-desktop
    • api-sample （data processing APIについてのサンプルコード）
• 過去のバージョン
  • ~Mass++4 ver.0.2.1 (ver.4.0 beta2)
  • Mass++ ver.2.7.5

開発者について

Mass++ユーザー会のweb (https://mspp.ninja/) を参照してください。

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